D'une part, le dégagement d'hydrocarbures et autres composés contenus dans la fumée du bois qui sont cancérigènes, entre autre pour l'estomac. D'autre part, lors de la cuisson, la graisse qui tombe sur les braises dégage des molécules (benzopyrènes) connues pour leurs effets cancérigènes. Ces différentes substances risquent de se fixer sur les aliments. Pour diminuer les risques, il est important de respecter quelques consignes de sécurité : n'utiliser que du charbon de bois "épuré" pour la cuisson, ne griller que lorsque les braises sont blanches (ne jamais cuire quand il y a encore des flammes); ne pas placer les aliments gras trop près des braises, ne jamais les laisser se carboniser, limiter sa consommation d'aliments grillés au barbecue. Si vous devez faire le choix d'un barbecue, optez pour un appareil à foyer vertical: la graisse ne peut plus tomber sur les braises et le risque est fortement réduit.

Un autre risque associé au barbecue est la toxi-infection alimentaire due au développement de bactéries dans les aliments conservés trop longtemps à température ambiante et la cuisson insuffisante. Pour éviter ce risque là, il est important de conserver les aliments au frais jusqu'au moment de cuire, de bien cuire les aliments et de les consommer dès qu'ils sont cuits. Les aliments cuits qui ne sont pas consommés directement doivent être mis rapidement au frigo.